Canthigaster papua est un petit poisson comprimé latéralement et assez trapu, pouvant atteindre 10 cm de longueur. Le corps est de couleur uniformément brun rouge avec de nombreux gros points bleu vert y compris sur la queue. Ils sont plus ou moins ronds et ont tous la même taille. Des lignes transversales et parallèles, de la même couleur que les points, relient les yeux et descendent sur le museau. D'autres lignes de même couleur, mais cette fois longitudinales, commencent au-dessus des yeux, remontent sur le dos et se terminent au niveau du pédoncule* caudal. Parfois, ces lignes sont interrompues en avant de la zone d'insertion de la nageoire dorsale, où un ocelle* noir est présent. Ces lignes reprennent toujours entre cet ocelle et la queue. Tous les points et les lignes sont margés de noir.
Le museau est bien marqué, avec une petite bouche terminale et une paire de narines. Le tour de la bouche est orangé, ce qui est caractéristique de cette espèce. L'iris est vert.
Les nageoires sont translucides, avec des rayons bien visibles, sauf la nageoire caudale qui est de la même couleur que le corps et avec les points. La nageoire dorsale est petite, implantée dans le tiers postérieur du dos. Les pelviennes sont absentes et la nageoire anale est petite, située à la même hauteur que la dorsale. La base de la nageoire dorsale et de l'anale est surlignée de bleu.
La peau est nue, sans écailles.